Les premiers jeux scolaires nationaux on été crées le 22 août 1963 CVD par Eduardo Saborit à La Havane en présence du commandant en chef Fidel CASTRO RUZ qui avait alors déclaré: “…Nous allons forger de bons élèves, qui, pour être de bons sportifs, doivent être de bons révolutionnaires…»
3478 athlètes ont participé à cette édition en représentant les 6 provinces traditionnelles du pays : Pinar del Rio, La Havane, Matanzas, Las Villas, Camaguey et Oriente, avec une équipe du plan bourse, regroupé par les écoles des campagnes, comme représentant d’une 7ème province. Ils ont participé aux épreuves de 8 sports différents: Echecs, Athlétisme, Basket, Baseball, Football, Gymnastique, Natation et Volley-ball, qui ont été effectuées dans deux catégories scolaires (moins de 13 ans et de moins de 16 ans).
Depuis 1977, les XVIe Jeux apportent un changement à la structure nationale, impliquant les 14 premières provinces et une municipalité spéciale, L’Ile de la Jeunesse, un système qui assure aujourd’hui la progression et le développement des jeux et la qualité du sport cubain. On a également créé des écoles d’initiation sportives (EIDE) dans chaque province et parallèlement, des centres spécialisés qui, à leur tour, nourrissent ces écoles sportives. En 1963, la résolution ministérielle numéro 4302 a rendu officielle la création des EIDE (écoles d’initiation sportive) et des ESPA (écoles de perfectionnement athlétique). La création de ces écoles a rendu possible le début d’une formation plus spécifique en réussissant à être la base des équipes nationales de demain.
Cuba a produit beaucoup de champions, et les Cubains ont remporté de nombreuses médailles aux Jeux olympiques et à d’autres compétitions internationales. Aux Jeux pan américains de 1991, à La Havane, Cuba a remporté 265 médailles, nombre dépassé seulement par les États-Unis ; c’est aussi le pays qui a remporté le plus grand nombre de médailles d’or. Le boxeur Teófilo Stevenson a remporté la médaille d’or dans la catégorie poids lourd aux Jeux olympiques de Munich en 1972, à ceux de Montréal en 1976 et à ceux de Moscou en 1980. Alberto Juantorena a gagné la médaille d’or du 400 et du 800 mètres aux Jeux olympiques de 1976 ; ce fut le premier coureur à remporter les deux épreuves au cours d’un même événement sportif. Javier Sotomayor est le détenteur du record mondial de saut en hauteur : il est considéré par certains comme le plus grand sauteur de tous les temps.